Stephen Hopkins là một chủ nô và có sở hữu nô lệ, giống như phần lớn những chính trị gia ký bản Tuyên ngôn Độc lập Mỹ ở thời điểm đó, Hopkins đã đề cập 5 người nô lệ trong di chúc của mình vào năm 1760[40] trong số đó bao gồm một đàn ông, một phụ nữ và ba đứa trẻ. Những người nô lệ này sẽ được để lại cho các thành viên thân thiết trong gia đình Hopkins sau khi ông mất cùng với lời hướng dẫn về cách cư xử với họ; đây là một điều hiếm có ở bất kỳ chủ nô nào. Những thông tin trong bản di chúc đã nêu ra rằng nữ nô lệ Fibbo (hoặc tên Phibo hay Phebe) sẽ đến phục vụ vợ Hopkins là Anne và được đối xử theo cách giúp "Fibbo không còn cảm thấy nô lệ là một gánh nặng"; và Saint Jago sẽ đến phục vụ Rufus, con trai cả của Hopkins và được đối xử theo cách "giúp cuộc sống của anh ta có thể trở nên dễ dàng và thoải mái hơn." Mặc vậy, bản di chúc chưa bao giờ được thực hiện vì Hopkins đã sống thêm 25 năm và nội dung trong bản di chúc này đã được thay đổi.[41]

Vào ngày 28 tháng 10 năm 1772, Hopkins trả tự do cho Saint Jago, trong văn thư giải phóng nô lệ của mình, ông viết:

Nhưng, xét về mặt cơ bản, và trước hết nhận ra rằng lòng nhân từ và khoan dung của Thánh Đức Chúa Trời Toàn Năng, bởi Phúc âm của Chúa Giê-su của chúng ta: Thánh Linh may mắn đã dạy cho tất cả những con người trung thực tuân theo thiên lệnh của Ngài rằng, việc giữ bất kỳ Sinh vật có lý tính nào trong cảnh trói buộc giam cầm như một nô lệ, những người vốn có khả năng tự cung cấp và chăm sóc một cách độc lập cho chính họ như một Nhà nước Tự do: hoàn toàn toàn không tương xứng với sự Công chính và Thánh thiện của Người.[42]

Hopkins thấy rằng sự trói buộc vào những "loài sinh vật có lý trí" vốn tự lập là trái với ý muốn Chúa Trời; nhưng ông cũng cho rằng việc trả tự do không màng điều kiện cho những người nô lệ là một hành động vô trách nhiệm đối với ông. Cũng chính vì điều này, Hopkins từ chối trả tự do cho Fibbo, và ông đã trả giá bằng việc từ bỏ tư cách thành viên Quaker.[42] Hopkins cho rằng "những đứa con của nữ nô lệ Fibbo cần sự chăm sóc từ một người mẹ."[43] Và những nô lệ khác của do ông sở hữu không được trả tự do cho đến sau khi ông mất, nhưng trong đó có Primus và Bonner Jr., hai nô lệ hiếm hoi khác của Hopkins đã được giải phóng vài năm trước khi ông qua đời.[44]

Vào năm 1774, trong thời gian phục vụ trong Hội đồng Rhode Island, Hopkins đưa ra một dự luật trong đó ngăn cấm việc nhập khẩu nô lệ vào thuộc địa.[45] Dư luật này đã trở thành một trong những đạo luật chống buôn bán nô lệ đầu tiên tại Hoa Kỳ.[46] Ngoài ra, một số áp lực lớn khác tại Rhode Island dẫn đến nảy sinh nhiều hạn chế hơn đối với việc buôn bán nô lệ tại vùng đất này là tỷ lệ dân cư sinh sống là tín hữu Quakers chiếm một tỷ lệ lớn.[47]